Durch einen Meteoriteneinschlag erwacht Godzilla aus seinem Schlaf. Gleichzeitig wird auf einer Insel ein riesiges Ei gefunden, aus dem Mothra schlüpft. Aber auch Mothras böser Zwilling Battra erwacht aus dem ewigen Eis und so liefern sich die drei Monster einen Kampf, der ganze Städte in Trümmerwüsten verwandelt.