Naruto wird vorgeworfen, mehrere Jounin aus Kirigakure und Iwagakure getötet zu haben und einen Anschlag auf den Raikage verübt zu haben. Im Prozess wird er für schuldig erkannt und landet im Gefängnis in Houzukijou, dem Blood Prison. Master Mui, der Leiter des Gefängnis, bedient sich dabei einer ulimativen Technik, um die Kräfte der Häftlinge zu versiegeln. Gerade jetzt wird es Naruto zum Verhängnis, der im Kampf um seine Unschuld auch noch auf der Abschussliste einer Organisation landet...