400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.