Zum ersten Mal sind drei Yu-Gi-Oh!-Helden für ein gemeinsames Abenteuer vereint: Yusei Fudos mächtigste Karte, der Sternenstaubdrache, wird von Paradox, einem mysteriösen Duellanten aus der Zukunft, gestohlen! Das kann Yusei natürlich nicht akzeptieren und so verfolgt er Paradox bis in die Vergangenheit zurück. Hier trifft er auf Jaden Yuki, der seinerseits gerade von Paradox angegriffen wird. Gemeinsam reisen sie noch weiter in der Vergangenheit Paradox hinterher, der hier sein eigentliches Ziel erreichen will: Pegasus töten! Yusei und Jaden treffen in Domino City auf Yugi Moto. Gemeinsam stellen sich die drei größten Duellanten aller Zeiten ihrem Feind: Doch ist Paradox überhaupt noch zu stoppen, bevor ihre Vergangenheit aufhört zu existieren?