Eine mysteriöse Reiatsu (spirituelle Partikel) Explosion findet in Seireitei in der Soul Society statt, welche verursacht, dass Seireitei zerstört wird. In der exakt selben Zeit überkommt Kuchiki Rukia eine bedeutende Veränderung, die bewirkt, dass sie aus dem Gedächtnis ihrer Freunde langsam aber sicher verschwindet. Urahara Kisuke schickt Kurosaki Ichigo zur Soul Society, um die Unruhe zu untersuchen. Als er die Soul Society erreicht, wird er von Shinigamis angegriffen, die ihre Erinnerungen zu Ichigo und Rukia verloren haben. Nun, alleine und auf der Flucht, muss Ichigo versuchen die vermisste Rukia zu finden und die mysteriösen Ereignisse aufzudecken, bevor es zu spät ist.