Das schicksalsträchtige Duell zwischen Yugi Muto und Pharao Atem wurde entschieden. Die Milleniumsgegenstände wurden unter dem Wüstensand begraben und die Seele des Pharaos fand ihre Ruhe. Yugi und seine Freunde sind zum Alltag zurückgekehrt und bereiten sich auf ihren Schulabschluss vor. Von Ihren Vorbereitungen abgelenkt merken die Freunde nicht, dass der neue, gar unscheinbare, Mitschüler Aigami finstere Pläne verfolgt. Ganz besonders hat Aigami es auf Yugi abgesehen. Als sich Aigamis Pläne eröffnen und sich auch noch Seto Kaiba mit seinen nicht minder eigenwilligen Zielen einmischt kommt es zum Showdown. Yugi, Kaiba und Aigami stellen sich einem Duell, das nicht nur mit neuen Techniken aufwartet, sondern auch das Schicksal der Welt beschließt. Gewinnt Aigami, erreicht er damit sein zerstörerisches Ziel. Kann ihn Yugi aufhalten?