In Tokyo steht die Eröffnung der größten Sportveranstaltung der Welt, der World Sports Games, kurz bevor. Zu diesem Anlass soll auch ein neuer Hochgeschwindigkeitszug in Betrieb genommen werden, der zwischen Nagoya und der Hauptstadt unglaubliche 1.000 km/h erreicht. Als bei einem Empfang für die WSG-Sponsoren, den auch Conan und seine Freunde besuchen, plötzlich der Strom ausfällt, steht kurz darauf fest, dass Sonokos Vater entführt wurde. Obwohl Conan und die Detective Boys Herrn Suzuki unversehrt finden können, scheint das nur der Auftakt einer Reihe von Entführungen zu sein. Zusammen mit dem FBI wird Conan schnell klar, dass diese Serie mit ähnlichen Vorfällen in Verbindung stehen muss, die sich vor 15 Jahren bei den World Sports Games in Boston ereigneten, und dass der große Showdown bei der Eröffnungsfahrt der Vakuum-Maglev stattfinden soll. Doch dazu muss der Täter es nicht nur mit Conan aufnehmen, sondern auch mit der ganzen Familie von Scharfschütze Shûichi Akai!