En original animeserie om Nagate, en ung dreng af ringe stand, der er født i et samfund af genetisk modificerede mennesker. For 1000 år siden flygtede de fra Jordens undergang og bor nu på det store rumskib Sidonia. Da det viser sig, at Nagate er en dygtig pilot, bliver han en af Sidonias elitesoldater i kampen mod de fremmede, formskiftende Gauna-monstre, der vil udrydde menneskeheden. Serien er baseret på den populære japanske mangaserie.