Malcolm – en 9-årig dreng, der kan lide at stå på skateboard og hænge ud med sin bedste ven Stevie – får sit liv vendt på hovedet, da han bliver tvunget ind i en klasse for højt begavede børn og ender midt i en gruppe talentfulde og udstødte elever. Da Malcolms storebror, der også er hans yndlingsbror, er blevet sendt på militærskole, skal Malcolm også håndtere sine brødre, Reese og Dewey. Drengenes forældre, Lois og Hal, kæmper for at holde sammen på det hele.