Marvel’s Agent Carter begynder efter flystyrtet – i 1946. Efter at Peggy Carter har mistet sit livs kærlighed, slutter hun sig til den hemmelige organisation af lovhåndhævere SSR (Strategic Scientific Reserve). Vi er tilbage i en tid, hvor de mandlige agenter både ryger og drikker på arbejdet, og ikke behandler kvinder med værdighed. Peggy må da også kæmpe for at opnå respekt og anerkendelse, trods hendes åbenlyse kvaliteter som agent.