Serien tager fat da agenten Ethan Burke vågner op i den lille soveby Wayward Pines. Ude at stand til at huske, hvordan han er kommet dertil, sætter han alt ind i jagten på at finde to forsvundne kolleger, der angiveligt aldrig er vendt tilbage fra en opgave i byen – men det er lettere sagt end gjort. Wayward Pines gemmer på mange obskure hemmeligheder og det er langt fra alle i byen som er hjælpsomme.