Tre årtier efter den store krig mellem menneskene og Zentradi udvikler FN-regeringen nye teknologier til deres transformerende jagerfly ved at udføre tests på koloniplaneten Eden. Militære testpiloter og tidligere barndomsvenner, den løse kanon Isamu Alva Dyson og Zentradi-blandede Guld Goa Bowman, bliver udvalgt til hver at flyve et nyt fly (Shinsei Industries' YF-19 og General Galaxys YF-21) til Project Super Nova, for at vælge den nyeste efterfølger til VF-11 Thunderbolt variable jagerfly, som stadig er i brug af FN's Spacy-militærstyrker. Deres egne personlige nag ender med at forstyrre testene og begynder at skabe kaos i programmet.