Som ganske ung ser Cal Lynch sin mor blive dræbt, en begivenhed, der mærker ham for livet. 30 år senere, i 2016, ligger Cal spændt fast til et bord i et fængsel i Texas dømt til døden for diverse kriminalitet. Imidlertid dør Cal ikke. Han bliver "hvervet" af det mystiske Abstergo Industries, hvor videnskabskvinden Sofia Rikkin arbejder på at udrydde al ondskab. Ved hjælp af en revolutionerende teknologi, der frigiver de genetiske minder gemt i Cals dna, sendes han tilbage til 1400-tallets Spanien. Her gennemlever han sin fjerne slægtning Aguilar de Nerhas oplevelser. Aguilar er medlem af et hemmeligt samfund kendt som The Assassins, der kæmper for at beskytte den frie vilje mod de magtsyge Knights Templar. I takt med at Cal begynder at forstå sin egen fortid, tilegner han sig den viden og de fysiske færdigheder, der er nødvendige, hvis han skal besejre den tyranniske Templar-organisation i nutiden.