I 1600-tallet rejser to jesuiterpræster, Rodrigues og Garrpe, fra Portugal til Japan for at finde deres forsvundne mentor, fader Ferreira, som rygtes at være faldet fra troen. De ankommer til et uforsonligt og fremmed rige, hvor kristendommen er bandlyst, og al kontakt med den vestlige verden er uønsket. Shogunstyrets tortur af kristne præster bevæger Rodrigues til at gruble over Guds manglende indgriben.