Den karismatiske journalist Louis Theroux forsøger i USA at komme bag kulisserne i Scientology-kirken ved at interviewe medlemmerne af det kontroversielle trossamfund - men de vil ikke tale med ham. I stedet møder han afhoppede medlemmer, der kan fortælle om ubehagelige, og somme tider ekstreme oplevelser i kirken. Samtidig fornemmer Louis, at han bliver skygget af de selvsamme mennesker, som han så forfærdelig gerne vil have i tale...