Tokyo, i slutningen af 2. Verdenskrig. 11-årige Mahito har mistet sin mor i en brand og har svært ved at acceptere, at hans far har giftet sig med moderens yngre søster, Nahuto. På gården, hvor de bor, er der et afsides tårn. Da Nahuto pludselig forsvinder, leder Mahito i tårnet og havner i en anden verden. Et mystisk rige, hvor de levende og døde går side om side.