Ash og hans venner opdager en usædvanlig, telepatisk Pokemon - Shaymin - som forsøger at komme hjem til bjergene igen. Ash og de andre bestemmer sig for at hjælpe Shaymin, men bliver trukket ind i en parallel verden af Giratina, som er ude efter Shaymin. De kommer fra asken til ilden, da det viser sig at det ikke bare er Giratina som er ude efter Shaymin.