Mystiske kræfter er på spil, da Ash og hans venner rejser til Crown City for at deltage i Pokémon Baccer Verdensmesterskabet! Da de tre Legendariske Pokémon Raikou, Entei og Suicune pludselig ankommer og hærger gaderne, er det på til Ash og hans venner sammen med deres nye ven Zorua at afsløre hemmeligheden bag de enorme kræfter, det er på spil. Hvad er det for fremmende og farlige kræfter, der er i Crown City? Hvorfor vender Celebi pludselig tilbage efter at have været forsvundet i tyve år? Og hvorfor har den mægtige Zoroark sluppet sin vrede løs i byen? Har Ash og hans venner nok mod, styrke og sammenhold til at de kan opklare mysteriet i tide og redde Crown City?