Da den 21-årige Tims far forsvinder, må Tim drage til storbyen Ryme City, hvor mennesker og pokémon'er lever side om side. Her møder han sin fars tidigere pokémon-makker Pikachu, som lider af hukommelsestab, og som Tim på mystisk vis forstår hvad siger. Sammen med reporteren Lucy må de forsøge at opklare mysteriet om Tims fars forsvinden, som hurtigt viser tegn på en større sammensværgelse.