I Skotland 1865 tager en gammel schæfer og hans lille Skye terrier til Edinburgh. Men da hyrden dør af lungebetændelse, forbliver hunden tro mod sin ejer, nægter at blive adopteret af nogen og begynder at sove på sin ejers grav på Greyfriars kirkegård, på trods af en opsynsmand med en "ingen hunde"-regel. Og når Bobby bliver anklaget for at være uden licens, er det op til børnene i Edinburgh og Lord Provost at beslutte, hvad der skal gøres.