Mitsumasa Kido opdager en mystisk baby i Himalaya, som han adopterer som sit barnebarn. 16 år senere er Saori Kido en ung pige, der plages af sine mystiske kræfter. Hun bliver reddet af Seiya fra en lejemorder, der er sendt for at dræbe hende. Saori lærer derefter, at hun er reinkarnationen af gudinden Athena, og Seiya er en af hendes helgener, der har svoret at beskytte hende. Da hun får kendskab til sin skæbne, tager hun til Helligdommen for at gøre oprør mod pavens mordiske plan.