Efter afslutningen af Battle City-turneringen, dybt under Egyptens sand, er en gammel ondskab vågnet. Anubis, som blev besejret for århundreder siden af Yugis mystiske alter ego – den gamle farao – er vendt tilbage for at hævne sig. Med kraften fra Eighth Millennium Item er Anubis fast besluttet på at ødelægge Yugi og overtage verden.