Hvad får man, hvis man krydser en radioaktiv fortidsøgle med en blomst? Gale videnskabsmænd forsøger at skabe det ultimative våben ved at injicere DNA fra Godzilla i en smuk rød rose. Men de mister hurtigt kontrollen med deres nye skabning. Blomsten muterer til en ondskabsfuld superplante, som udsletter alt på sin vej. Den kalder på sin ur fader: Godzilla. Tokyos ældgamle nemesis stiger endnu en gang op fra havet for at møde sin nye konkurrent til verdensherredømmet. Det bliver biologisk krigsførelse på højt niveau.