Ash, Pikachu og hans venner forsøge og stoppe et par tyve gemmer sig ud i kanalerne og gyder i Alto Mare, det gamle vand kapital. Vær med i eventyret er to nye legendariske Pokémon , et søskendepar opkaldt Latias og Latios , der tjener som fredsbevarere og beskyttere af Soul Dew - en uvurderlig skat med en mystisk magt.