Et tophemmeligt efterretningsprogram har givet seks udvalgte agenter skærpede fysiske og mentale evner. Aaron Cross er en af agenterne, men nu trues han af sine egne. Det kontroversielle program er nemlig i fare for at blive afsløret, og nu går bagmændene i gang med at rydde op. De går grundigt til værks, og pludselig er Aaron jaget vildt.