U.C. 0123. Efter en generation med fred er Jordføderationen begyndt at bygge nye rumkolonier for at huse menneskehedens voksende befolkning. Men en ny styrke, den aristokratiske Crossbone Vanguard, planlægger at erobre kolonierne på den nybyggede Frontier Side for sig selv. Efterhånden som deres hjem bliver en slagmark, kæmper en håndfuld unge civile for at undslippe konflikten. For at redde sine venner og familie bliver den modvillige kriger Seabook Arno pilot på en ny Gundam, som bærer kodenavnet F91.