Strandet i en ødelagt by opdager flokken, at det vrimler med flyvende tallerkener og rumvæsener. Men snart sker der noget endnu mere mærkeligt for Scooby og Shaggy. Begge bliver dybt forelskede. Mysteriet fører til en forskningsbase og et enormt netværk af grotter, som er gemt under byen. Vores helte, som er blændet af kærlighed, får sammen med resten af flokken et svært mysterium at opklare.