Boruto je situován do poválečné doby. Hrdinové z Naruto Shippuden založili rodiny a v Borutovi se dozvíme o příbězích této nové generace. Děj začíná, když jsou ve věku pro vstup do Akademie. Hlavním hrdinou je Boruto, který se chce stát silným ninjou a prosadit si svoji cestu, nerad by šel v šlépějích svého otce.