Mimozemská rasa zvaná Gauna zničila Zemi a nechala lidstvo bojovat o přežití na palubě vesmírné lodi Sidonia. Přestože od posledního střetu s Gaunou uplynulo sto let, je vojenská služba povinná. Pro Nagate Tanikazeho, jehož dědeček ho tajně ukryl v zapomenutých útrobách Sidonie, je to zvláštní nový svět, když je nucen vystoupit na povrch. Jeho nábor však přichází právě včas, protože Gauna se náhle znovu objevila.