Seriál sleduje práci členů newyorské pobočky Federal Bureau of Investigation (FBI, Federální úřad pro vyšetřování). Tito prvotřídní agenti spojují talent, intelekt a technické dovednosti, aby za pomoci pokročilých technik vyšetřovali případy s velkým dopadem, a to včetně terorizmu, organizovaného zločinu a vnitřních konspirací. Jejich cíl je jediný: udržet New York a zbytek země v bezpečí.
Když se mise týmu zaměřená na obchodování s bílým masem nepodaří, snaží se agenti získat oběť obchodování. Mezitím se Maggie spojí s operátorem 911, aby jim pomohl najít dívku dříve, než bude vyhnána z města nebo ještě hůř.
Poté, co jsou zastřeleni dva porotci z vysoce sledovaného soudního procesu s mafiány, tým se pustí do vyšetřování organizovaného zločinu, dokud se nezjistí, že porotci nemuseli být vůbec zamýšlenými cíli. Případ se pro Scolu stane osobním, když se dozví, že jeden z jeho bývalých instruktorů z vojenské akademie, může mít s případem spojitost.
Když je osobní vlak unesen a přesměrován ve vysoké rychlosti s neozbrojeným OA a Gemmou na palubě, tým se snaží nad vlakem získat kontrolu a zabránit tak katastrofě.
Zatímco Maggie a tým pátrají po nejnovějším newyorském sériovém vrahovi, metoda napodobování, kterou vrah použil, donutí Maggie vyhledat pomoc u Raye Distefana, sériového slashera, kterého poslala za mříže.
Když je v terénu zabit tajný agent FBI, tým učiní znepokojivé zjištění, že identita několika tajných agentů byla prozrazena, včetně Maggie, která aktivně pracovala na infiltraci do ekoteroristické skupiny. Mezitím tým požádá o pomoc zvláštní agentku Dani Rhodesovou, jejíž krytí bylo rovněž prozrazeno, aby si nejen zachránila vlastní život, ale aby také pomohla odhalit, kdo za únikem informací stojí.
Když jsou v jeho prohlídkovém autobusu zastřeleni slavný rapper a dva dospívající fanoušci, tým zjistí, že v příběhu může být víc než jen jeho spor s jiným rapperem. Mezitím Isobel dosáhne významného milníku, kvůli kterému uvažuje o své budoucnosti v agentuře.
Poté, co jsou dvě ženy brutálně zavražděny pomocí napalmu, se Maggie a OA dostanou na seznamku, kde objeví skupinu opovrhovaných uživatelů, kteří se zaměřují na ženy, jež je odmítají.
Poté, co se v Queens ztratila mladá dívka, tým zjistí, že ji únosci použili jako páku k provedení velké loupeže s výbušninami, což je posílá na hon za těmito nebezpečnými viníky. Scola a Dani mezitím začnou pracovat na svých základech jako partneři.
Když je generální ředitel zabit cílenou explozí ve svém střešním bytě, tým musí zjistit, jak se někdo dostal do vysoce zabezpečené budovy. Jejich úkol se však dále zkomplikuje, když zjistí, že zločin může být dílem umělé inteligence. Mezitím Maggie brzdí svůj osobní život.
Když jsou v Brooklynu smrtelně ubodáni dva zvláštní agenti daňového úřadu (IRS), tým je vržen do vyšetřování, které vede zpět k oživení online konspirační komunity Dukea Ducoylea, jejich podezřelého z předchozího případu.
Poté co Jubal těsně unikne plánovanému útoku na tajnou kancelář FBI, tým zjistí, že agenturu infiltrovala šílená teroristická skupina. Agenti si nejsou jistí, komu věřit, a proto musí pracovat ve stínech, aby odhalili viníky ohrožující nedotknutelnost terénní newyorské pobočky.
