Sledujeme osudy 17letého velice nadaného detektiva Shinichiho Kuda, který již na střední škole řeší případy, se kterými si neví rady ani policisté. Ale jen do doby, než ho při vyšetřování jednoho případu pachatel donutí spolknout jed APTX 4869. Shinichi sice neumře, ale jed způsobí, že se promění v 7leté dítě. Aby neprozradil, že je stále naživu, začne se vydávat za Conana Edogawu a snaží se přijít na to, jaká organizace vyrobila jed, který může za jeho omlazení. Žije u Kogoroua Mouriho, ne moc kvalitního detektiva, kterému Edogawa pomáhá bez Mouriho vědomí řešit případy spolu s jeho dcerou, která je zamilovaná do Shinichiho Kudoa.