Profesor Charles Xavier a Jean Grey po telepaticky řízené explozi zmizí z domovního bloku, což se týmu X-men pranic nelíbí. O rok později začne zvláštní komando zatýkat mutanty a Logan s Bestií pracují na opětovném sjednocení X-menu. Členové se znovu přidávají, i když se místy najdou tací, kteří raději posilují tábor zla. Statek X se renovuje z Andělových peněz, ale ani temné síly neodpočívají, omámený Xavier je „uklizen" do bezpečí, kde ho střeží Magneto. Když to uslyší Kyklops, sám se také vrátí a spěchá na pomoc profesoru X. Bitva je dost krátká, Magneto svolí, aby byl Xavier odvezen zpátky na statek X. Profesor telepatickou cestou vzkazuje do budoucnosti členům X-menu a informuje Logana, že musí své přátele vést, pokud chtějí Zemi ochránit před zlými silami a zabránit nepříteli, aby ovládl svět.