Temný, dosud nevyprávěný příběh Steins;Gate, v jehož čele stojí excentrický šílený vědec Okabe, který se snaží vzpamatovat z neúspěšného pokusu o záchranu Kurisu. Rozhodne se vzdát a opustí své živé vědecké alter ego ve snaze zapomenout na minulost. Když už se zdá, že je vše v pořádku, zdánlivě ho do minulosti vtáhne setkání s Kurisuovým známým, který mu řekne, že začali testovat zařízení, které uchovává paměť člověka a vytváří jeho simulaci s jeho vlastnostmi a osobností. Okabe začne testovat a zjistí, že simulace Kurisu přinesla zpět trápení a několik nových nečekaných tragédií. Zero je vedlejší příběh, který zkoumá události z budoucnosti Beta Attractor Field, které přispěly k tomu, že se konec původního příběhu mohl uskutečnit.