Po zneškodnění Bowserovy předchozí plány, se Mario a Luigi nyní potýkají s novou hrozbou Bowser Jr., který je odhodlán osvobodit svého otce z zajetí a obnovit rodinné dědictví. S novými i starými společníky putují bratři po hvězdách, aby zastavili kampu mladého dědice.