Na Konohu zaútočí záhadní létající ninjové ze země Oblohy (Sora no Kuni) zničené za druhé velké války ninjů. Během jejich náletu Naruto potkává doktora Shinnou, který pomáhá zraněnému. Později v nemocnici se seznámí i s jeho mladou žačkou Amaru, která se po doktorovi shání, neboť i její vesnice byla napadena. Zatímco je vyslána čtyřčlenná skupinka jako protiútok, Naruto, Sakura a Hinata dostávají misi - pomoci doktorovi a Amaru zachránit jejich vesnici. Jenomže tam na ně čeká překvapení; nepřítel s temnou chakrou. A když už vše vypadá beznadějně, objeví se nečekaný zachránce.