Serija prati avanture visokotehnološke podmornice SeaQuest DSV 4600 koja spada pod organizaciju UEO (United Earth Oceans), globalnu federaciju naroda koja ima sličnosti s Ujedinjenim narodima koja je stvorena nakon većeg globalnog konflikta koji se dogodio 2010. godine. SeaQuest je izgradio NORPAC (vojna organizacija koja se spominje u pilotu) te ga predao UEO-u nakon njegove konstrukcije. Radnja serije započinje 2018. godine nakon što je ljudski rod iscrpio gotovo sve prirodne resurse, osim onih na morskom dnu. Zbog toga su na morskom dnu nastale mnoge kolonije, te je od tada posao SeaQuesta i njegove posade da ih zaštite od neprijateljskih naroda koji se nisu pridužili UEO-u te da pomognu u posredovanju prilikom raznih nesuglasica.