Doktorica Temperance Brennan (Emily Deschanel) vrhunska je forenzična antropologinja, zaposlena u uglednom institutu Jeffersonian, koju policija i druge snage reda često zovu u pomoć pri onim slučajevima ubojstava u kojima su standardne metode identificiranja žrtava nedovoljne. Naime, Temperanceina specijalnost njezina je nesvakidašnja sposobnost čitanja tragova u žrtvinim izgorenim, uništenim ili teže oštećenim kostima. Brennanova najčešće surađuje sa specijalnim agentom Seeleyem Boothom (David Boreanaz), članom posebnog FBI-jeva tima za istraživanje ubojstava. Kao bivši vojni snajperist, Booth ne vjeruje znanosti i znanstvenicima, nazivajući ih parazitima koji sline nad fizičkim dokazima. Njegov je stav da se ključevi za razrješenje kriminalnih tajni nalaze među živima, svjedocima i osumnjičenima, starom i prokušanom metodom istraživanja i ispitivanja. Agent Booth i forenzičarka Brennan često se sukobljavaju i poslovno i privatno, a iskrice među njima zasad su realizirane samo u romanima koje Temperance piše kako bi se opustila nakon naporna posla.Inspirirana životom i radom prave forenzičarke i bestseler autorice Kathy Reichs, "Kosti" je iznimno napeta i atraktivna kriminalistička serija istraživačko-forenzičarske tematike, koja se od ostalih serija koje prate policijsku proceduru analize tragova i ostataka razlikuje velikom količinom dobroćudnog humora te emotivnim odnosima među glavnim likovima. Zabavna i ponekad mračna, ali uvijek puna optimizma i predanosti u rješavanju zločina, serija je ovo koja proučava ljudskost znanstvenika koji analiziraju neljudskost iza zastrašujućih zločina.
Kao gošća profesora Iana Wexlera, Brennan održi predavanja na Sveučilištu u Oxfordu. Nakon predavanja, Ian saznaje da je počinjeno ubojstvo i poziva Brennana i Bootha da se pridruže Scotland Yardu u istrazi. Tijelo Portie Framapton, bogate američke nasljednice, pronađeno je u Temzi. Motiv ubojstva možda mogla bi biti namjera Amerikanke da gradi nebodere na iskopinama iz brončanog doba. Inspektor Cate Pritchard, Brennan i Booth razgovaraju s ocem nesretne djevojke i njegovom zaručnicom,. Saznaju da je Portia bila u tajnoj vezi s Harryjem, budućim grofom od Innesdorfa. Harrryjev otac je vezu svog sina i Portie želio držati u tajnosti.
Nakon što su riješili ubojstvo bogate nasljednice, Brennan i Booth se vraćaju kući. To što joj se Ian Wrexler ne javlja, Brennan objašnjava time što je odbila spavati s njim. No uskoro saznaje da je Ianov stan izgorio, a da je na krevetu pronađen kostur. Na prvi pogled izgleda kao da je u stanu procurio plin, a Ian upalio cigaretu koja je zapalila stan, no on nije bio pušač. Na kosturu Brennan pronađe mjesto udarca i zaključuje da je u pitanju ubojstvo. U međuvremenu, Birimbau se ponovno vraća u Angelin život pa se situacija između nje i Hodginsa zakomplicira.
Ubijen je popularni voditelj showa pa se Booth i Brennan daju u potragu za ubojicom. Brennan je neodlučna između dvije veze u kojima se trenutačno nalazi.
Boothov sin Parker u ptičjem gnijezdu pronađe prst. Booth i Brennan odmah kreću u istragu kako bi našli tijelo kojemu prst pripada. Nakon pronalaska, zaključuju da je smrt uzrokovao pas, a potraga za psom i njegovim vlasnikom vodi ih do ilegalnih borbi pasa.
U lokvi ljubičaste vode pronađeni su dijelovi ljudskog tijela, ali nedostaje glava. Ekipa doznaje kako tijelo pripada Jaredu Addisonu, piscu znanstvene fantastike koji je imao ozbiljnih mentalnih problema. Uz Sweetsovu pomoć pronađeno je nekoliko sumnjivaca, ali teško je osigurati kvalitetnije dokaze dok god nedostaje glava. Izgleda kako je jedini koji im može pomoći Zack.
Boot i Brennan istražuju smrt nepopularnog menadžera, čije je tijelo pronađeno u oknu dizala. Istraga otkriva da je žrtva u svojim arhivima imala poveći broj pritužbi kolega.
Booth i Brennan istražuju tijelo pronađeno u Chesapeake Bayu. Najprije se čini da nemaju od kuda krenuti jer je pred njima samo torzo, no implantati u grudima daju im prvi trag. On ih vodi do male crkve u Marylandu, gdje otkrivaju da je žrtva bila svećenica. Kada detektivi prijeđu na donji dio tijela, saznaju da njihove početne pretpostavke ipak nisu bile točne.
Lubanja kipara pronađena je u skulpturi, pa Boot i Brennan započinju istragu. Oboje sumnjiče kiparevu asistenticu Roxie Lyons. I dok je detektivi ispituju, Roxie otkriva da je bila u romantičnoj vezi s jednom osobom u laboratoriju.
Policajci za vrijeme vježbe pronađu mrtvo tijelo, a Brennan i Booth pokušavaju otkriti uzrok smrti. Ubrzo je nađeno i drugo tijelo, što vodi detektive na novi trag. U međuvremenu, Brennan odlazi na spoj s Boothovim mlađim bratom Jaredom, koji se doselio u grad kako bi radio u Pentagonu.
U zrakoplovu, na putu prema Kini, Brennan i Booth otkriju ljudsko truplo u velikoj mikrovalnoj pećnici. Uz pomoć high-tech opreme, istražitelji šalju dokaze Jeffersonu. On zaključi da je žrtva bila novinar, koji je pisao kontroverzne članke o pilotima.
Sve što je ostalo od bivšeg marinca su lubanja i nekoliko kostiju. Istraga odvodi Brennan do elitne privatne škole kojom vladaju moćne i bogate obitelji. Saznaje da joj otac može pomoći oko novog slučaja, ali i da je postao profesor u istoj školi.
Booth and Brennan istražuju smrt spojenih blizanaca, žonglera u cirkusu. Kako bi riješili ubojstvo detektivi se moraju pretvarati da su cirkuski bacači noževa iz Kanade. Ubrzo, Booth se nađe licem u lice s opasnim klaunom…
Dokaz slučaja „Grobar“ je nestao, pa su Brennan i Hodgins, koji se još nije oporavio od toga što je bio živ zakopan, prvi na listi osumnjičenih. Grobar onesposobi, drogira, otme i zatvori Bootha u minijaturnu podmornicu, a tim detektiva, uključujući i njegovog brata Jareda, čini sve da ga što prije pronađu.
Troje srednjoškolaca naiđe na mrtvu ženu odjevenu u srednjovjekovnu haljinu. Booth je ozlijeđen pa agent Perott ode s Brennan na znanstveno-fantastičnu konvenciju. Zahvaljujući korisnoj informaciji koju im je dao Colin Fisher, detektivi daljnjom istragom zaključe da je žrtva vjerojatno ubijena jer je posjedovala vrijednu memorabiliju.
Prodavač automobila pronađen je na dnu klisure. Teorija da ga je ubio pad odbačena je kada njegovo tijelo počne pokazivati čudne znakove raspadanja u laboratoriju, a iz kostiju mu krene izlaziti neobična pjena. Laboratorij je odmah izoliran, a Brennan i Booth imaju 24 sata da saznaju što je uzrokovalo smrt, prije nego se kosti potpuno raspadnu.
U nasipu soli radnici pronađu mrtvu djevojku s užasnutom grimasom na licu. Žrtva je 16-godišnja odbojkašica kojoj se trag izgubio prije tri tjedna. Ashley Clark je bila trudna, a udaraci u glavu, koje istražitelji otkriju, naneseni su joj kada je smrt već nastupila. Ni njezina majka, a ni kiropraktičar nisu znali da je bila trudna, no otac prizna da se posvađao s Ashely nakon što je pronašao test za trudnoću u njenoj sobi. Tvrdila je da je pripadao njenoj trudnoj prijateljici Becci. Naime, ona i Ashely su se posvađale oko Roryja Davisa, koji je bio Beccin dečko, a Ashely joj ga je preotela.
U zološkom vrtu, u kavezu s tigrom pronađeno je izgriženo tijelo tamnoputog muškarca. U laboratoriju tim dolazi do zaključka da tigar nije ubio žrtvu, već da je čovjek iskrvario nakon što mu je netko prerezao bedrenu arteriju. Booth i Brennan doznaju da je ubijeni doktor Andrew Welton, s kojim je Cam živjela dvije godine. Cam inzistira da tužnu vijest sama prenese njegov kćeri. U krvi doktora pronađeni su opijati, no Cam tvrdi da on nije koristio nikakve droge.
U nekoliko vreća za smeće pronađeno je raskomadano žensko tijelo. U uhu žrtve nalazio se djelić meteora pa se Boot i Brennan upute u NASA-u, ali tamo im demantiraju pad meteora na Zemlju. No istražitelji doznaju da se u Collar institutu nalazi meteor koji odgovara nađenom komadiću. Ubijena žena je Diana Sidman, bila je zaručena za voditelja laboratorija i radila je na kontroverznom projektu zbog kojeg joj se često prijetilo smrću.
U tvornici reciklaže, radnici na kartonskoj ambalaži ugledaju obrise koji podsjećaju na sliku Djevice Marije. No kada se smrskane kutije uklone, ispod se ukaže žensko tijelo. Cam otkrije da je žena bila ubijena prije nego što je bila ubačena u stroj za reciklažu. Dr. Marcus Scheer potvrđuje da je žrtva bila njegova pacijentica, Meriel Mitsakos, koja se je uskoro trebala udati. Njen zaručnik Mike Caverly šokiran je s novostima. Istraga otkriva da Mike nije bio jedini muškarac u Merielinom životu.
Na nelegalnom koncertu norveškog heavy metal benda, policajci shvate da je kostur, koji se koristi na pozornici kao scenografija, zapravo ljudski, a ukraden je američkom death metal bendu prije šest mjeseci. Žrtva je tinejdžer, a istražitelji pokušavaju saznati je li u pitanju ubojstvo ili pljačka grobnice. Cam ne pronalazi na kosturu tragove tekućine za balzamiranje pa sve upućuje na ubojstvo. Pomoću maskare, koja je nađena u lubanji, Angela rekonstruira žrtvin izgled te doznaje da se zvao Mayhem i da je bio basist u bendu Spew. U međuvremenu, Sweets traži mišljenje doktora Gordona o odnosu između Bootha i Brennan za knjigu koju piše o njima i dobije doktorov zanimljiv osvrt o vezi između doktorice i agenta.
Na granici Texasa i Oklahome nađeni su kosturi sijamskih blizanki u dobi između 19 i 20 godina. Detektivi pronalaze dokaze svugdje po zemlji te daljnjom istragom zaključe da su djevojke, Jenny i Julie Van Owen, bile žonglerke i da su pripadale putujućem cirkusu. Bones i Brennan pronalaze njihovu majku koja optužuje cirkus da joj je ukrao kćeri. Zadnji ih je put vidjela prije četiri mjeseca. Brennan se raspituje je li operacija odvajanja blizanki bila moguća te od doktora Muira dobiva pozitivan odgovor. Brennan se zapita jesu li djevojke odbile odvajanje, koje bi upropastilo njihovu cirkusku karijeru.
Agent Nakamura zove Bootha i traži od njega da mu pomogne pronaći sestru Sashi s kojom već danima ne može uspostaviti kontakt pa se plaši da joj se nešto dogodilo. Booth i Brennan kreću u istragu i pronađu Sashin auto pokraj močvarnog područja. Detektivi uskoro doznaju da je i njezina cimerica nestala bez traga.
Jimmy „Beaver“ Bouvier bio je obučen u kostim maskote koledža kada je pronađen mrtav. Booth i Brennan istražuju je li ubijen za vrijeme ili prije slavlja na koledžu. Kolege iz bratstva priznaju da je Jimmy imao poslić sa strane kojim je dobro zarađivao. U međuvremenu, Boot pomaže bratu da pronađe novi posao nakon nečasnog otpusta iz vojske.
Ljudski ostaci nađeni su na dnu bačve vina. Žrtva je poznati sommelier koji je svojim osvrtima mogao proslaviti ili uništiti vinariju. Osumnjičeni su svi koji imaju veze s vinarijom, počevši od vlasnika i njegove žene. U međuvrememnu, nakon što odluči imati dijete, Booth šokira Brennana pitanjem želi li postati otac.
U finalu sezone otkriveno je mrtvo tijelo u popularnom noćnom klubu. Osumnjičenih je mnogo, a poznata lica serije nađu se u drugačijim rolama od onih na koje smo navikli. Priča završava neočekivanim obratom, a Brennan se još jednom suočava sa svojim zdravstvenim problemima.
