Zanemarivanje zakona alhemije otklonilo je polovinu ekstremiteta Edwarda Elrika iz njegovog tijela i ostavilo dušu njegovog brata Alphonsea vezanu uz oklop. Da bi povratili izgubljeno, braća traže Kamen Filozofa. Neprijatelji i saveznici – korumpirane vojske, Homunculi i strani alhemisti – promijenit će put braće Elrika, ali njihova svrha ostaje nepromijenjena i njihova veza neuništiva.