Godine 2035, osuđenik James Cole nevoljko se dobrovoljno javlja da bude poslan nazad kroz vrijeme kako bi otkrio porijeklo smrtonosnog virusa koji je uništio gotovo svu populaciju Zemlje i natjerao preživjele u podzemne zajednice. Ali kada je Cole greškom poslan u 1990. umjesto u 1996., uhapšen je i zatvoren u mentalnu bolnicu. Tamo upoznaje psihijatricu dr. Kathryn Railly i sina poznatog stručnjaka za viruse koji možda drži ključ Vojske 12 Majmuna; smatra se da je odgovoran za oslobađanje ubilačke bolesti.