Nakon što su spriječili prethodni plan Bowsera da se venčaju sa princezom Peach, Mario i Luigi sada se suočavaju s novom prijetnjom u Bowser Jr., koji je odlučan da oslobodi svog oca iz zarobljavanja i povrati obiteljsko nasljeđe. Uz nove i stare prijatelje, braća putuju kroz zvijezde da bi zaustavili mladi nasljednikovu kampu.