রসায়নের নিয়ম উপেক্ষা করলে এডওয়ার্ড এলরিকের অর্ধেক অঙ্গ কেটে যায় এবং তার ভাই আলফন্সের আত্মা একটি বর্মে আটকে থাকে। যা হারিয়েছে তা পুনরুদ্ধার করতে, ভাইরা ফিলোসোফারের পাথর খোঁজে। শত্রু ও মিত্র – দুর্নীতিগ্রস্ত সেনাবাহিনী, হোমাঙ্কুলি, এবং বিদেশি রসায়নবিদ – এলরিক ভাইদের পথ পরিবর্তন করবে, কিন্তু তাদের উদ্দেশ্য অপরিবর্তিত থাকে এবং বন্ধন অটুট।