যখন আলিতা ভবিষ্যতের জগতে সে কে তার কোনও স্মৃতি ছাড়াই জেগে ওঠে যা সে চিনতে পারে না, তখন তাকে ইডো গ্রহণ করে, একজন সহানুভূতিশীল ডাক্তার যিনি বুঝতে পারেন যে এই পরিত্যক্ত সাইবর্গ শেলের মধ্যে কোথাও একটি অসাধারণ অতীতের সাথে একজন যুবতীর হৃদয় এবং আত্মা রয়েছে।