মানুষকে ম্যাট্রিক্স থেকে মুক্ত করে সিয়োন শহরে আনার সাথে সাথে প্রতিরোধ সংখ্যায় বৃদ্ধি পায়। নিও ম্যাট্রিক্সের ভিতরে কোডটি দেখার ক্ষমতা সহ তার সুপারপাওয়ারগুলি আবিষ্কার করে। মেশিন প্রহরীরা 72 ঘন্টার মধ্যে সিয়োনে খনন করার সাথে সাথে, নিও, মরফিয়াস এবং ট্রিনিটিকে শেষ পর্যন্ত উত্সে পৌঁছানোর জন্য কীমেকারকে খুঁজে বের করতে হবে।