অ্যালেক্স, মার্টি এবং অন্যান্য চিড়িয়াখানার প্রাণীরা মাদাগাস্কার থেকে পালানোর একটি উপায় খুঁজে পায় যখন পেঙ্গুইনরা একটি ধ্বংসপ্রাপ্ত বিমানকে পুনরায় একত্রিত করে। অনিশ্চিতভাবে মেরামত করা জাহাজটি আফ্রিকা মহাদেশে পৌঁছানোর জন্য যথেষ্ট সময় বায়ুবাহিত থাকে। সেখানে নিউ ইয়র্কাররা প্রথমবারের মতো তাদের নিজস্ব প্রজাতির সদস্যদের মুখোমুখি হয়। আফ্রিকা একটি বন্য জায়গা হিসাবে প্রমাণিত হয়, তবে অ্যালেক্স এবং সংস্থা ভাবছেন যে এটি তাদের সেন্ট্রাল পার্কের বাড়ির চেয়ে ভাল কিনা।